Mittlerweile leben Alvin, Theodore und Simon zusammen mit Dave (Jason Lee) bei dessen Cousin Toby, der total cool ist. Und wie alle Kids müssen natürlich auch die Chipmunks zur Schule gehen. Dort warten auf die drei Rockstars ganz neue Herausforderungen wie z.B. Gruppendruck, Sport und natürlich Mädchen! Introducing: die Chipettes Jeanette, Brittany und Eleanor. Sie werden gemanagt von Ian Hawke (David Cross), dem miesen Halsabschneider, der anfangs auch die Chipmunks betreut hat. Ian will aus den Chipettes das nächste große Ding machen und schürt die Rivalität zwischen den Jungs und Mädels. Doch am Ende merken sie, dass sie gute Freunde sein können und ein fantastisches Musicalteam abgeben.